Los zooflagelados, también llamados zoomastiginos, son una subclase de protozoos de la clase de los flagelados, con una membrana más o menos flexible y deformable, una celulósica, que se dividen longitudinalmente, son capaces de enquistarse y casi siempre parásitos de los animales.
Se distribuyen en los órdenes de los protomonadinos: la mastigamoeba, tripanosomas, coanoflajelados; los tricomonadinos: las lamblias; los hipermastiginos; y los opalininos: las opalinas.