Los flagelados, también conocidos como mastigóforos, son una clase de protozoos del subfilo de los plasmódromos, formados por células aisladas o en colonias, y, la característica de este grupo, están provistos de uno a ocho flagelos, que les sirven para la locomoción, la alimentación y, a veces, también de pseudópodos.
Tienen un núcleo bien diferenciado y una vacuola pulsátil y tienen reproducción asexual por división longitudinal.
Son dulceacuícolas, marinos o parásitos. La mayoría tienen alimentación heterótrofa, aunque hay excepciones, pues hay muchos de ellos que poseen un cromátoforo fotosintetizante y son los organismos autótrofos más sencillos entre los hoy conocidos.
Su interés científico es enorme por hallarse entre los protozoos y las algas.
Se distinguen, pues, dos grupos. Los fitoflagelados, casi siempre libres y acuáticos, con cromatóforos y, por tanto, autótrofos, se incluyen entre las algas y son ejemplos de ellos las euglenas, las peridíneas, etc. Los zooflagelados carecen de cromatóforos y son, pues, heterótrofos y muchos de ellos parásitos.
